La Iglesia Nueva Apostólica Internacional está estructurada en diversas iglesias regionales, estas son dirigidas por los Apóstoles de Distrito. La responsabilidad y autoridad más grande en la iglesia recae sobre el Apóstol Mayor. El actual Apóstol Mayor es Wilhelm Leber, que lleva en este cargo desde Pentecostés 2005. La actual posición del Apóstol Mayor es similar a la de Pedro, en el círculo de los primeros apóstoles.

Los más estrechos colaboradores del Apóstol Mayor son los Apóstoles de Distrito y los Apóstoles. Los Apóstoles de Distrito son también los responsables de las diferentes iglesias regionales. El Apóstol de Distrito encargado de la iglesia regional de España es Markus Fehlbaum, la cual está integrada en el distrito apostólico de Suiza; a su vez el Apóstol Erhard Suter atiende las comunidades que componen los tres distritos en los que se divide España.

Obispos, Ancianos de Distrito y Evangelistas de Distrito ayudan a los apóstoles en el desarrollo de la iglesias. El centro de la vida eclesiástica son las comunidades. Cada Apóstol encarga a Pastores, Evangelistas y Presbíteros la conducción de las comunidad; estos a su vez son ayudados por otros Presbíteros y Diáconos.

Más de 10,5 millones de cristianos nuevo apostólicos viven en el mundo, repartidos en cerca de 65 000 comunidades, abarcando todo tipo de edades, condición social y pueblos.